Qu’est-ce que le microbiote intestinal?

Le microbiote intestinal est l’un des sujets les plus étudiés par les chercheurs de nos jours:  axe intestin-cerveau, diversification du microbiote au cours de la vie et impact de l’alimentation sont des questions variées, auxquelles la science commence à apporter des réponses.  Sophie Yvon (Ecole d’ingénieurs de Purpan, Toulouse) et Olivier Goulet (Hopital Necker, Paris) échangent et nous donnent quelques éléments de réponses.

La question de cette semaine : Qu’est-ce que le microbiote intestinal ? Sophie Yvon nous répond.

Qu’est-ce qu’un microbiote ?

Sophie Yvon : Grande question ! Le microbiote correspond à l’ensemble des micro-organismes avec lesquels nous cohabitons. Des milliards et des milliards de bactéries pour l’essentiel, mais également des virus, des champignons, des protozoaires et des levures. Il y a différents microbiotes chez l’Homme selon la surface colonisée : le microbiote cutané, le microbiote vaginal, le microbiote buccal, le microbiote respiratoire…

Mais le microbiote intestinal, autrefois appelé flore intestinale, est le plus connu car aussi le plus important avec ses 10¹² à 10¹⁴ micro-organismes. Il est principalement localisé dans l’intestin grêle et le colon. Ce microbiote intestinal nous accompagne dès nos premiers instants de vie, au moins dès la naissance (des études suggèrent que le fœtus pourrait rencontrer des bactéries in utero via le placenta, le liquide amniotique ou encore l’utérus^{(1-3) .} Ces études sont cependant controversées – Affaire à suivre).

Dès la naissance, la composition du microbiote intestinal du nouveau-né va très vite être influencée selon la voie d’accouchement⁽⁴⁾ : des bactéries vaginales de la mère comme Lactobacillus et Prevotella chez les nourrissons nés par voie basse et des bactéries de la salle d’accouchement et du personnel comme Enterococcus, Enterobacter ou Staphylococcus. L’alimentation du bébé (lait maternel ou infantile puis diversification), la prise de médicament et son environnement auront un impact sur la composition de son microbiote intestinal qui se stabilisera vers la fin de la petite enfance. Ensuite il deviendra unique. Chaque être humain sur notre planète possède un microbiote intestinal unique, un peu comme les empreintes digitales. Je me permets toutefois une nuance : unique ne veut pas dire figé. Tout au long de notre vie, notre alimentation, nos conditions de vie, notre environnement, nos changements hormonaux (puberté, cycle menstruel, grossesse,…), notre vieillissement vont avoir un impact sur l’état d’équilibre de notre microbiote intestinal. Les êtres humains se transforment tout au long de leur vie et il en va de même pour leur microbiote intestinal!

Quels sont les rôles du microbiote intestinal ?

Sophie Yvon : C’est simple : Notre microbiote intestinal est essentiel tout au long de notre vie. Plus les espèces de micro-organismes sont nombreuses et variées, mieux c’est pour notre microbiote et notre santé.

Les bactéries vont avoir différentes fonctions selon leur espèce. Certaines jouent un rôle dans la dégradation des aliments (en effet, nos propres enzymes ne permettent pas de digérer l’intégralité des nutriments que nous ingérons : les bactéries prennent alors le relais) tandis que d’autres produisent des neurotransmetteurs impliqués dans la communication intestin-cerveau. Certaines vont synthétiser des vitamines (vitamines K, B12 et B8), tandis que d’autres vont intervenir dans la production d’anticorps, ou encore vont jouer un rôle de barrière contre les microorganismes pathogènes. Par conséquent, ils luttent contre la colonisation des « mauvaises bactéries » ^(5).

Quand le microbiote est en bonne santé, équilibré, et varié, on parle d’eubiose.

En opposition, un microbiote fortement déséquilibré et appauvri (on parle alors de dysbiose) est associé à une multitude de troubles dans notre corps. Une multitude d’études scientifiques rigoureuses démontrent fortement et significativement le lien entre dysbiose intestinale et troubles inflammatoires intestinaux (maladie de Crohn, rectocolite hémorragique, cancer colorectal^(6-8)…), métaboliques (diabète, obésité⁽⁹⁾…), et neurologiques (stress, autisme et plus récemment maladie de Parkinson et Alzheimer^(10-13)).

Avec le microbiote intestinal, c’est donnant-donnant. Si on prend soin de lui, il nous le rend bien en exerçant plusieurs fonctions vitales de notre organisme entier (immunitaire, neurologique, métabolique…).  

Sophie Yvon est enseignant-chercheur à l’Ecole d’ingénieurs de Purpan. Elle travaille sur l’axe intestin-cerveau et sur la nutrition, et donne également de son temps à la communication et vulgarisation scientifique, qu’elle partage sur ses réseaux, au théâtre, à la radio, en vidéo ou en conférence. Elle a par exemple évoqué le lien entre cerveau et intestin lors d’une conférence TEDx® à Lille ou dans une vidéo avec le média Brut®, « le ventre ce deuxième cerveau ». Vous pouvez la suivre sur Facebook, Twitter, et Instagram.

Références:

1. Collado MC et al. Human gut colonization may be initiated in utero by distinct microbial communities in the placenta and amniotic fluid; 2016; Sci. Rep.; 6; 23129

2. Francisse E. Etablissement du microbiote intestinal: hypotheses et mécanismes d’une colonization in utero en période prénatale ; 2020.

3. Gschwind R et al. Etablissement du microbiote : une colonisation in utero déterminante pour la santé future ?; 2018 ; Medecine Science ; 34 : 331-337

4. Shao Y et al. Stunted microbiota and opportunistic pathogen colonization in caesarean-section birth; 2019; Nature; 574:117-121

5. Jandhyala SM et al. Role of the normal gut microbiota; 2015; World J. Gastroenterol; 21:8787-8803

6. Collins SM. A role for the gut microbiota in IBS; 2014; Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol; 11:497-505

7. Schaubeck, M. et al. Dysbiotic gut microbiota causes transmissible Crohn’s disease-like ileitis independent of failure in antimicrobial defence; 2016; Gut; 65:225–237

8. Louis P. et al. The gut microbiota, bacterial metabolites and colorectal cancer; 2014; Nat. Rev. Microbiol. 12:661–672

9. Baothman O. A et al. The role of Gut Microbiota in the development of obesity and Diabetes.2016; Lipids Health Dis. 15:108

10. Moloney R. D. et al. Stress and the Microbiota-Gut-Brain Axis in Visceral Pain: Relevance to Irritable Bowel Syndrome. 2016; CNS Neurosci. Ther; 22:102–117

11. Li Q. et al. The Gut Microbiota and Autism Spectrum Disorders. 2017; Front. Cell. Neurosci.

12. Parashar A. & Udayabanu M. Gut microbiota: Implications in Parkinson’s disease. 2017; Parkinsonism Relat. Disord; 38: 1–7

13. Marizzoni M et al. Short-Chain Fatty Acids and Lipopolysaccharide as Mediators Between Gut Dysbiosis and Amyloid Pathology in Alzheimer’s Disease. 2020; J. Alzheimers Dis; 78:683–697